Sodium alginate-encapsulated Colchicum nanoparticles attenuate TNF-α and NF-κB signaling in macrophages: A novel therapeutic strategy for rheumatoid arthritis
Inflammopharmacology, vol.34, no.1, pp.743-761 — SCI-Expanded, Scopus
Bilim İnsanı & Girişimci
İstanbul Üniversitesi'nde öğretim üyesi, Hüüp Coffee ve Orient Biyolojik Ürünler'in kurucu ortağı. Bilimsel titizliği girişimci ruhla birleştirerek anlam üretiyorum.
Akademik araştırmalar ile inovasyonu bir araya getiren bir biyolog ve girişimciyim. Bir yandan ekstraksiyon sistemleri ve fenolik bileşikler üzerine bilimsel araştırmalarımı sürdürürken, diğer yandan Hüüp Coffee ve Orient Biyolojik Ürünler kurucusu olarak biyolojik ham madde üretimi, gıda bilimi ve içecek sektöründe projeler geliştiriyorum.
Temel vizyonum, analitik düşünceyi ve bilimsel metodolojiyi hem akademik çalışmalarıma hem de ticari girişimlerime entegre ederek değer yaratmaktır.
Meraklılar, yatırımcılar, akademisyenler ve potansiyel müşterilerle birlikte düşünmek ve üretmek için buradayım.
TanışalımBilimsel çalışmalarım ve araştırma alanlarım.
Inflammopharmacology, vol.34, no.1, pp.743-761 — SCI-Expanded, Scopus
Microchemical Journal, vol.214 — SCI-Expanded, Scopus
Microchemical Journal, vol.210 — SCI-Expanded, Scopus
Chemistry and Biodiversity, vol.22, no.9 — SCI-Expanded
Antioxidants, vol.13, no.12 — SCI-Expanded, Scopus
Scientific Reports, vol.14, no.1 — SCI-Expanded, Scopus
European Food Research and Technology, vol.249, no.5, pp.1363-1376 — SCI-Expanded, Scopus
Molecules, vol.27, no.1 — SCI-Expanded, Scopus
Akademik bilgimi gerçek dünyada anlam üretmek için kullandığım iki girişim.
Kurucu Ortak · Kahve
Bilimin zanaatla buluştuğu noktada, kahve tutkunlarına sıradanın ötesinde bir seçki sunuyoruz. Hüüp Coffee'nin özel sıvı fermantasyon teknikleriyle işlenen çekirdekleri, damakta bıraktığı ipeksi dokusu ve katmanlı aroma profiliyle nitelikli kahve dünyasında yeni bir standart belirliyor. Her yudumda laboratuvar titizliği ile butik kavurma ustalığını hissedeceğiniz bu özel deneyim, sizi doğallığın ve biyoteknolojinin uyumuna davet ediyor.
Kurucu Ortak · Biyolojik Ürünler
Orient Biyolojik Ürünler, klinik mikrobiyoloji ve in vitro diyagnostik alanında en yüksek hücresel hassasiyeti ve kaliteyi sağlamak vizyonuyla, derin bir akademik birikim ve tavizsiz bir bilimsel titizlikle kurulmuştur. Amacımız, mevcut endüstri standartlarının ötesine geçerek, laboratuvarların ihtiyaç duyduğu güvenilir, hızlı ve kesin sonuç veren üstün biyolojik çözümleri tasarlamak ve üretmektir. Özellikle kültür medyası katkıları ve yüksek performanslı biyolojik matrisler alanında, sektörel darboğazları aşan yenilikçi ve analitik prosesler geliştiriyoruz.
Bilim, girişimcilik ve merak üzerine yazılar.
Bilimin en temel vaadi, yanılabilirliğimizi kabul etmektir. Hem akademisyen hem girişimci olarak öğrendiğim en değerli ders: soru sormaktan korkmamak ve verinin sizi nereye götürdüğünü dürüstçe takip etmek.
Devamını Oku →Bir bardak kahveyi sıradan olmaktan çıkaran kimya ve biyoloji nedir?
Devamını Oku →Orient Biyolojik'te laboratuvarda başlayan şeyin pazara ulaşma hikayesi.
Devamını Oku →Yeni yazılar yakında eklenecek.
Bülten İçin YazınÇalışmalarım ve girişimlerim hakkında yayımlanan haberler.
Atık olarak görülen düşük nitelikteki kahve çekirdeklerinin değerlendirilmesi üzerine Anadolu Ajansı muhabirine açıklamalar.
Haberi Oku →Su tüketimini %50, karbon ayak izini %40 azaltan biyoteknoloji temelli kahve üretim modeli ve Hüüp Coffee'nin 5. nesil girişim vizyonu.
Haberi Oku →Kontrollü fermantasyon ve ileri gıda teknolojileriyle otel ve restoranlara özel tat profili geliştiren Hüüp Coffee'nin sektörel tanıtımı.
Haberi Oku →Akademik iş birlikleri, girişimcilik sohbetleri, yatırım görüşmeleri ya da sadece merak ettiğiniz bir şey için ulaşabilirsiniz.
✓ Mesajınız alındı. En kısa sürede dönüş yapacağım.
Doktora sürecimin en erken dönemlerinde bir danışmanım bana şunu söylemişti: “İyi bir bilim insanı, kendi hipotezinin en sert eleştirmenidir.” O zamanlar bu cümleyi teorik olarak anlamıştım. Ama asil içselleştirmem, yıllar sonra kendi verimle yüzleşmek zorunda kaldığımda oldu.
Ekstraksiyon sistemleri üzerine yürüttüğüm bir çalışmada, belirli bir çözücü sisteminin fenolik bileşik verimini belirgin biçimde artırdığını gösteren ön sonuçlar elde etmiştim. Heyecan verici görünüyordu. Tekrarladım. Sonuçlar tutarlıydı. Ama bir şey tuhaf geliyordu — literatürdeki benzer çalışmalar bu kadar yüksek verim bildirmiyordu. İki seçenek vardı: ya gerçekten özgün bir bulgu keşfetmiştim, ya da bir şeyleri gözden kaçırıyordum.
İkinci ihtimali ciddiye almak beni rahatsız etti. Çünkü ilk ihtimal daha tatmin ediciydi. İşte tam burada eleştirel düşüncenin ne kadar zor olduğunu anladım — sorun, soru sormak değil; kendi bulgularınızı sorgulamak için gereken motivasyonu bulmaktır.
Sonunda metodolojik bir hata buldum. Numune hazırlama aşamasında standart bir adımı atlamıştım. Sonuçlar gerçekti ama doğru değildi.
Akademide bu tür hatalar öğrenme fırsatı olarak çerçevelenir. Girişimcilikte ise maliyet olarak. Hüüp Coffee’yi kurarken de Orient Biyolojik Ürünler’i tasarlarken de fark ettim ki, biyoloji altyapısının bana verdiği en değerli şey teknik bilgi değil, veriyle kurduğum ilişkinin biçimiydi.
Bir ürün geliştirme sürecinde “bu işe yarıyor gibi görünüyor” ile “bu işe yarıyor” arasındaki mesafe, eleştirel düşüncenin tam olarak oturduğu yerdir. Başarısız bir fermantasyon lotunun neden başarısız olduğunu anlamak için duygusal bir mesafeye ihtiyaç var. Ürününüze, fikrinize, emeğinize rağmen veriyi takip etmek zorundasunız.
Bu kolay değil. Özellikle yatırım yapıldıktan, zaman harcandıktan, kamuoyu önünde açıklamalar yapıldıktan sonra geri dönmek ve “yanılıyor olabilirim” demek, hem bireysel hem kurumsal olarak güç. Ama bu soruyu sormaktan kaçınmak daha pahalıya patlar.
Öğrencilerime sık sık şunu söylerim: hipotezinizi doğrulamaya çalışmayın, reddetmeye çalışın. Eğer tüm çabalarınıza rağmen hipotez ayakta kalıyorsa, o zaman güçlü bir bulgudur. Eğer ilk itirazda yıkılıyorsa, zamansız heyecan yaşamaktan kurtulmuş olursunuz.
Soru sormaktan korkmamak, aslında cehaleti kabullenmekle başlar. Neyi bilmediğinizi bilmek, bildiklerinizi abartmaktan çok daha sağlam bir zemin. Bilim bunu kurumsal olarak kabul eder — yanılabilirlik, bilimsel yöntemin bir hatası değil, tasarım özelliğidir.
Ben hem araştırmacı hem girişimci kimliğimle bu ilkeyi aynı şekilde uygulamaya çalışıyorum. Verim düşüğünde açıklamayı bulmak, “bu sefer koşullar zordu” demekten daha üretici. Pazar beklentiler altında kaldığında müşteriyi suçlamak yerine ürünü sorgulamak daha dürüst.
Eleştirel düşünce bir karakter özelliği değil, bir pratik. Tekrarla gelişiyor, rahatsızlıkla pekişiyor. Ve bilimde olduğu gibi, her doğru sorunun başında biraz ego bırakmak gerekiyor.
Early in my doctoral studies, one of my advisors told me: “A good scientist is the harshest critic of their own hypothesis.” At the time, I understood it theoretically. But I truly internalized it years later, when I was forced to confront my own data.
During a study on extraction systems, I obtained preliminary results suggesting a particular solvent system significantly increased the yield of phenolic compounds. It looked exciting. I repeated it. The results were consistent. But something felt off — similar studies in the literature weren’t reporting yields this high. There were two options: either I’d genuinely discovered something original, or I was missing something.
Taking the second possibility seriously was uncomfortable. Because the first was more satisfying. That’s exactly where I understood how difficult critical thinking truly is — the problem isn’t asking questions; it’s finding the motivation to question your own findings.
Eventually I found a methodological error. I had skipped a standard step in sample preparation. The results were real, but they weren’t correct.
In academia, these kinds of mistakes are framed as learning opportunities. In entrepreneurship, as costs. While founding Hüüp Coffee and designing Orient Bioproducts, I realized that the most valuable thing my biology background gave me wasn’t technical knowledge — it was the way I relate to data.
In product development, the distance between “this seems to work” and “this works” is precisely where critical thinking lives. Understanding why a failed fermentation lot failed requires emotional distance. Despite your product, your idea, your effort — you have to follow the data.
This isn’t easy. Especially after investment has been made, time has been spent, public statements have been made — going back and saying “I might be wrong” is hard, both individually and institutionally. But avoiding that question costs more in the long run.
I often tell my students: don’t try to confirm your hypothesis, try to refute it. If the hypothesis still stands despite all your efforts, then you have a strong finding. If it collapses at the first objection, you’ve saved yourself from premature excitement.
Not being afraid to ask questions actually starts with acknowledging ignorance. Knowing what you don’t know is a much more solid foundation than overestimating what you do. Science accepts this institutionally — fallibility is not a flaw in the scientific method; it’s a design feature.
I try to apply this principle equally in my roles as both researcher and entrepreneur. Finding an explanation when yields are low is more productive than saying “conditions were tough this time.” Questioning the product when the market underperforms is more honest than blaming the customer.
Critical thinking is not a character trait — it’s a practice. It develops through repetition, solidifies through discomfort. And as in science, every right question requires leaving a little ego behind.
Kahveyi içerken biyokimya düşünen insan sayısı oldukça azdır. Bu normal — zaten bu yüzden bardakta biter. Ama ben bir biyolog olarak kahveye baktığımda, her fincanın aslında bir dizi mikrobiyal ve kimyasal sürecin sonucu olduğunu görmeden edemiyorum.
Specialty coffee, yani özel kahve hareketi, son yıllarda büyük ilgi gördü. Ancak bu ilginin büyük bölümü köken hikayeleri, kavurma profilleri ve demleme teknikleri üzerine yoğunlaştı. Temel biyokimyanın daha az konuşulduğunu düşünüyorum. Bu yazıda biraz oraya girmek istiyorum.
Ham kahve çekirdeği, yüzlerce fenolik bileşik, organik asit, şeker ve amino asit içerir. Kavurma süreci bu bileşikleri dönüştürür — Maillard reaksiyonları yeni aroma molekülleri üretir, klorojenik asitler parçalanır, uçucu bileşikler açığa çıkar ya da kaybolur. Sonuç, ham maddenin kimyasal profiliyle doğrudan bağlantılı ama ondan çok farklı bir şeydir.
Peki kavurma öncesinde ne olur? İşte burada fermantasyon devreye giriyor.
Kahve meyvesinden çekirdek elde etmenin birkaç yöntemi var: yıkama (washed), doğal (natural), bal (honey) işleme. Bu yöntemlerin hepsinde, meyve etinin uzaklaştırılması sürecinde mikroorganizmalar devreye giriyor. Ortama hakim olan bakteri ve maya türleri, çekiçrdeğin yüzeyindeki ve içindeki bileşikleri metabolize ediyor; bu süreç aroma öncülü molekülleri doğrudan etkiliyor.
Geleneksel işleme yöntemlerinde bu fermantasyon büyük ölçüde kontrolsüz. Ortam sıcaklığı, nem, mikrobiyal kompozisyon — hepsi değişken. Sonuçlar bazen muhteşem, bazen tutarsız.
Hüüp Coffee’yi kurarken temel sorum şuydu: Bu süreci daha iyi anlayabiliriz ve böylece daha tutarlı, daha öngörülebilir bir sonuç elde edebilir miyiz?
Sıvı fermantasyon (submerged/liquid fermentation) yaklaşımı, kontrollü bir ortamda belirli mikroorganizma türlerinin kullanılmasına izin veriyor. pH, sıcaklık, süre ve mikrobiyal yük izlenebilir. Bu da sürecin tekrarlanabilirliğini artırıyor — bilimsel açıdan bu çok önemli, çünkü tekrarlanabilirlik olmadan optimizasyon da olmaz.
Bu yaklaşım geleneksel yöntemlerin “yanış” olduğunu söylemiyor. Aksine, onların neden bazen mükemmel sonuçlar verdiğini anlamaya ve bu koşulları kasıtlı olarak yaratmaya çalışıyor.
Bazı aromaların belirli bakteri türlerinin metabolik çıktılarıyla doğrudan ilişkili olduğu biliniyor. Laktik asit bakterileri, asetik asit bakterileri, çeşitli maya türleri — hepsinin fermantasyon profiline farklı katkıları var. Hangi türlerin hangi koşullarda hangi molekülleri üretttiğini anlamak, hem tat tasarımı hem kalite kontrolü açısından değer taşıyor.
Specialty coffee’nin fiyat katmanları çoğunlukla “deneyim” anlatısına dayandırılıyor. Ama bu deneyimin arkasında ölçülebilir kimyasal farklılıklar var. Biyokimyayı anlamak, keyfi fiyatlandırmayı değil, gerçek kalite farklılaştırmasını mümkün kılıyor.
Ben kahveyi sevdiğim için bu işe girmedim — biyolojinin buradaki potansiyelini gördüğüm için girdim. Bu, araştırma laboratuvarındaki düşünce biçiminin endüstriyel bir ürüne uygulanması. Sonuçlar fincanınıza yansıyor mu? Umarım öyle. Ama asil soru şu: fincanınızdaki tadın nereden geldiğini merak ediyor musunuz?
Very few people think about biochemistry while drinking coffee. That’s normal — that’s why it ends up in a cup. But as a biologist looking at coffee, I can’t help but see every cup as the result of a series of microbial and chemical processes.
The specialty coffee movement has attracted enormous interest in recent years. But much of that interest has focused on origin stories, roasting profiles, and brewing techniques. I think the underlying biochemistry gets less attention. In this piece, I want to go there.
A raw coffee bean contains hundreds of phenolic compounds, organic acids, sugars, and amino acids. The roasting process transforms these compounds — Maillard reactions produce new aroma molecules, chlorogenic acids break down, volatile compounds are released or lost. The result is something directly connected to, yet very different from, the chemical profile of the raw material.
But what happens before roasting? That’s where fermentation comes in.
There are several methods for obtaining beans from the coffee fruit: washed, natural, and honey processing. In all of these, microorganisms play a role during the removal of the fruit pulp. The dominant bacteria and yeast species metabolize compounds on and inside the bean — directly influencing aroma precursor molecules.
In traditional processing methods, this fermentation is largely uncontrolled. Ambient temperature, humidity, microbial composition — all variables. Results are sometimes spectacular, sometimes inconsistent.
When founding Hüüp Coffee, my core question was: Can we understand this process better, and thereby achieve a more consistent, more predictable outcome?
The liquid fermentation (submerged fermentation) approach allows specific microorganism species to be used in a controlled environment. pH, temperature, duration, and microbial load can all be monitored. This increases the reproducibility of the process — scientifically, this is critical, because without reproducibility there is no optimization.
This approach doesn’t say traditional methods are “wrong.” On the contrary, it tries to understand why they sometimes produce magnificent results, and to intentionally create those conditions.
It’s well established that certain aromas are directly linked to the metabolic outputs of specific bacterial species. Lactic acid bacteria, acetic acid bacteria, various yeast species — each contributes differently to the fermentation profile. Understanding which species produce which molecules under which conditions carries value for both flavor design and quality control.
Specialty coffee’s price tiers are usually justified through an “experience” narrative. But behind that experience are measurable chemical differences. Understanding the biochemistry enables genuine quality differentiation — not arbitrary pricing.
I didn’t enter this field because I love coffee — I entered it because I saw biology’s potential here. It’s the application of a research laboratory mindset to an industrial product. Does it show in your cup? I hope so. But the real question is: are you curious about where the taste in your cup comes from?
Orient Biyolojik Ürünler’i neden kurduğumu anlatmak için önce bir boşluktan bahsetmem gerekiyor.
Klinik mikrobiyoloji laboratuvarları, tanı süreçlerinin omurgasını oluşturur. Bakteri kültürü, identifikasyon, duyarlılık testleri — bunların tamamı kültür medyasına bağlı. Kültür medyası, mikroorganizmaların büyütüldüğü besi ortamı anlamına geliyor; agar, et ekstraktı, peptone, çeşitli tuzlar ve seçici ajanlar içeren formülasyonlar.
Bu alanda ciddi bir sorun var: kalite tutarsızlığı. Ve bu tutarsızlık, tanı güvenilirliğini doğrudan etkiliyor.
Kültür medyası katkılarının —özellikle peptone ve et ekstraktı gibi hayvansal kaynaklı bileşenlerin— üretim kalitesi, üreticiden üreticiye, hatta aynı üreticinin farklı lotları arasında değişebiliyor. Bu bileşenlerin amino asit profili, nem içeriği, toplam azot miktarı; hepsinin standardizasyonu zor.
Sonuç ne oluyor? Bir laboratuvar, aynı protokolü uygulayarak farklı lotlarda farklı büyüme performansları görebiliyor. Klinik bağlamda bu önemsiz değil. Bir patojeniz izole edemez ya da geciktirirseniz, bu tanı gecikmesi anlamına gelir.
Ben bu problemi akademik açıdan yıllardır biliyordum. Ama Orient Biyolojik Ürünler’i kurana kadar, bu bilginin bir çözüme dönüşeceğini düşünmemiştim.
Bir ürün geliştirmek, bir araştırma tasarlamaktan farklı görünüyor — ama temel mantık aynı. Her iki durumda da şunu sormak zorundasunuz: Bu gerçekten işe yarıyor mu, yoksa işe yarıyor gibi mi görünüyor?
Orient’te, geliştirdiğimiz katkı formülasyonlarını referans standartlarla karşılaştırarak test ediyoruz. Lotlar arası varyasyonu izliyoruz. Mikrobiyolojik performans testleri yapıyoruz. Bunların bir kısmı zorunlu; bir kısmı ise bizi tatmin etmiyor çünkü yeterli değil.
Bu titizlik ticari süreçleri yavaşlatıyor. Gerçek bu. Ama kısayol almak, daha sonra güven kaybına yol açıyor. Ve klinik bir ürün için güven kaybı telafi edilemez bir hasar.
Biyolojik ürünlerde sürdürülebilirlik tartışmalarına genellikle karbon ayak izi, geri dönüşüm, yeşil üretim çerçevesinden bakılıyor. Bunlar önemli. Ama benim için sürdürülebilirliğin bir başka boyutu var: bilimsel sürdürülebilirlik.
Bir ürünün kalitesi zamanla azalıyorsa, üretim sürecindeki bilimsel standartlar aşındıysa veya piyasaya girildiğinde araştırma bağlantısı kopuksa, o ürün ne kadar “biyolojik” görünürse görünsün, güvenilir değildir.
Orient’in kuruluş motivasyonu buydu: Klinik mikrobiyolojide kullanılan bileşenleri daha iyi anlamak, daha iyi karakterize etmek ve daha tutarlı üretmek. Bu hem sektörel bir boşluğu dolduruyor hem de araştırma süreçleri için daha güvenilir alt yapı sağlıyor.
Akademiden girişime geçiş yaparken en çok duyduğum cümle şu oldu: “Artık pratik düşünmen gerekiyor.” Bunu söyleyenler, pratiğin bilimsel titizlikle çeliştiğini varsayıyordu. Ben bu varsayımın yanlış olduğunu düşünüyorum. Pratik olmak, standartları düşürmek değil; doğru soruları doğru ölçekte sormaktır.
Orient Biyolojik Ürünler benim için bu soruyu sormaya devam ettiğim bir platform. Ve şimdiye kadar, bu soruyu sormayı bıraktığım her an hataya en yakın olduğum an oldu.
To explain why I founded Orient Bioproducts, I first need to talk about a gap.
Clinical microbiology laboratories form the backbone of diagnostic processes. Bacterial culture, identification, susceptibility testing — all of it depends on culture media. Culture media refers to growth media in which microorganisms are cultivated: formulations containing agar, meat extract, peptone, various salts, and selective agents.
There is a serious problem in this field: quality inconsistency. And this inconsistency directly affects diagnostic reliability.
The production quality of culture media additives — particularly animal-derived components like peptone and meat extract — can vary from manufacturer to manufacturer, and even between lots from the same manufacturer. The amino acid profile, moisture content, and total nitrogen of these components are all difficult to standardize.
What’s the result? A laboratory can observe different growth performance across different lots using the exact same protocol. In a clinical context, this is not trivial. Failing to isolate or delaying the isolation of a pathogen means a diagnostic delay.
I had known about this problem academically for years. But until I founded Orient Bioproducts, I hadn’t thought this knowledge would translate into a solution.
Developing a product looks different from designing a study — but the underlying logic is the same. In both cases, you must ask: Is this actually working, or does it just look like it’s working?
At Orient, we test the additive formulations we develop against reference standards. We monitor lot-to-lot variation. We conduct microbiological performance tests. Some of this is mandatory; some of it we do because the mandatory level isn’t enough.
This rigor slows commercial processes. That’s true. But taking shortcuts leads to loss of credibility later. And for a clinical product, loss of credibility is irreparable damage.
Sustainability discussions in biological products are usually framed around carbon footprint, recycling, and green production. These matter. But for me, sustainability has another dimension: scientific sustainability.
If a product’s quality deteriorates over time, if scientific standards in the production process have eroded, or if the research connection was severed when it entered the market — that product is not reliable, no matter how “biological” it appears.
That was Orient’s founding motivation: to better understand, better characterize, and more consistently produce the components used in clinical microbiology. This fills a sectoral gap while providing a more reliable infrastructure for research processes.
The most common thing I heard when transitioning from academia to entrepreneurship was: “You need to think practically now.” Those saying it assumed that practicality conflicts with scientific rigor. I think that assumption is wrong. Being practical doesn’t mean lowering standards — it means asking the right questions at the right scale.
Orient Bioproducts is the platform where I continue asking that question. And so far, every moment I’ve stopped asking it has been the moment I’ve come closest to error.